天启皇帝朱由校随即批令各部：“如议，著实遵守，如或仍前怠玩，视为虚者，听言官指名参劾。”

对丁绍轼的疏奏，首辅顾秉谦认为是挟皇帝令诸臣，颇为不悦。

这时期朝中有人倡议至浙江云雾山采伐大木，用作修葺宫殿，绍轼又上疏劝阻，停止采伐。

御史赵允昌弹劾绍轼，绍轼上疏求退。

熹宗认为绍轼心直口快，婉言挽留，绍轼再辞、三辞，帝仍不准。

这时又有御史吴裕中弹劾绍轼为大奸，恶语极致。

魏忠贤察言观色，见熹宗欣赏绍轼，以吴裕中报复绍轼之由，罢了吴裕中官职，廷杖一百。

绍轼闻知此事，立即上疏为吴求救，疏上，吴裕中已被杖死。

绍轼认为吴裕中死得冤屈，但碍于魏忠贤的淫威，深觉愧疚，而又有口难言。

礼部侍郎冯铨欲追论前朝三大疑案，一是“移宫案”，泰昌元年光宗死，熹宗朱由校当立。抚养他的李选侍与心腹魏忠贤，想利用熹宗年幼的机会，把持政权，据乾清宫。朝臣杨涟、左光斗等不让她与熹宗同居一宫，迫使其迁至哕鸾宫，然后引太子还乾清宫举行即位仪式。

二是“梃击案”，万历四十三年手执枣木棍，闯入光宗朱常洛住的慈庆宫，打伤几个守门太监。被执后供系郑贵妃手下太监庞保、刘成引进。时人怀疑郑贵妃欲谋杀太子。神宗与太子不愿追究，以疯癫奸徒罪杀张差于市，并毙庞保、刘成于内廷了案。

三是“红丸案”，泰昌元年光宗即位后沉湎酒色，不久病重。司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文昇下泻药，病益重。鸿卢寺丞李可灼连进红丸，自称仙方，光宗服药后即死去。

当时有人疑是神宗宠妃郑贵妃指使下的毒，引来许多争议。

结果崔文昇遣南京，李可灼遣戍。魏忠贤专权时翻案，免李可灼遣戍，擢崔文昇总督漕运。

诸多朝臣不满魏忠贤妄为，要将三案主要责任的姓名勒于碑上，永远不能翻案。

绍轼担心此事引起诸多朝臣惊恐，极力劝阻不可妄行，使此建议未能实施。

满洲兵侵犯山海关，关门兵少饷浮，熹宗准备下旨遣内臣坐镇指挥，新设一管理机构，负责清兵清饷。

绍轼与诸阁臣以为不妥，同上密揭，述其理由有四。

其一，考察古今，揣度利害，遣内臣坐镇边关一线几乎没有成功者，反而多出祸乱。因为内臣是皇上近臣，代表皇帝说话，一言一行，前方将吏谁敢不听，使臣一到将吏们围着他们转，分散将吏精力，无暇谋划战略战术。

其二，无才者皇帝不会派遣，稍有才智者，往往下车伊始，乱发一番言论。

前线辽东经略熊廷弼主张守，而辽东巡抚王化贞主张战，使臣不熟悉地形地貌和前期战况，支持谁的观点呢？若导致战争失利，责任由谁来负？

其三，文与文、文与武不和导致战争失败的事例，屡见不鲜。

而今将吏不和已是客观存在。

今派使臣赴前线，使臣就成了“凭中”。

文臣武将都要表述彼此是非，“凭中”若不能辨别对错，轻易表态，轻则加深矛盾，重则造成内讧。

既然有如此之弊端，皇上为何要派内臣坐镇山海关呢？

其四，清兵清饷是件好事，然而战争在亟之时能清出多少饷来？而增设一衙门要增加多少供应，并增加多少护卫，这是利少而弊多呀。疏上。

熹宗遣使臣坐镇山海关的敕书已草成，准备发行。

他阅览绍轼与诸臣密揭后，觉得言之成理，下旨暂停发敕书。

数日后，熹宗在魏忠贤、顾秉谦等人唆使下，下旨逮捕东林党人，要将他们一网打尽，朝廷上下一片沸腾。

绍轼上言劝阻，毫无效果，便托病不出。

结果左副都御史杨涟、左佥都御史左光斗、御史黄尊素、文选员外郎周顺昌等惨遭杀害。

就在此时，禁卫吏役在苏州乱抓人，激起民愤，顾秉谦认为是乱党作祟，要强力镇压。

绍轼以为不可打击面太宽，顾秉谦听了他的建议，只惩治了为首者，胁从者一律得以宽恕。

这年四月，熹宗晋绍轼少保兼太子太保，改户部尚书、武英殿大学士，荫一子锦衣卫副千户世袭，复赐银币坐蟒，照新衔给应。

得诰命，绍轼即上辞谢疏。

丁绍轼为官虽近二十年，实际在职仅十年左右。

他性素谨密，忠于国家，为了国家安定，敢于、善于向皇帝直言进谏；处处息事宁人，与同僚和谐相处，视朝中同乡为知己，多方关心他们。

对亲友尊敬，对伯叔兄弟敬爱。

在居家守丧和病休的八年时间里，拿出自己薪俸为乡党修堤筑墩，建造三座宝塔，加固水口，立会庄田以赡后学，并对家庭梓里之间的困难、矛盾，竭力支助，悉心调解，人人称颂其贤德。

“韦爵爷，你对我说句实话，你想开放通商口岸，想控制大明所有水师，究竟想干什么？是不是想培植自己的势力，成为有足够兵权与朝廷对抗的地方实权派？”丁绍轼问道。

“这个话题，我不想多谈，我说绝对没有，丁大人你相信吗？”韦宝道：“将大明水师全部收编在一起，可以进一步裁撤军队，现在大明水师的兵额是十万，这还是我主动裁掉了一半登莱水师之后的数字！否则还得更多。一旦合兵一处，实力能得到加强，兵饷能得到缩减，岂不是两全其美？至于开放通商口岸，对地主们有一定的冲击，但是对老百姓，对大明朝廷，一定是有益处的！这一点，相信你们都能想明白。至于我个人，请您看看这道奏本。”

韦宝说罢，直接将要拿给顾秉谦，让顾秉谦具名上呈的奏本拿给了丁绍轼看。

丁绍轼看了一遍，“你请陛下委任海防总督衙门大臣？你不想当海防总督吗？眼下海防总督衙门未曾设置总督，就等于是你当家啊，这是多少人眼红的衙门。”

丁绍轼不解的看着韦宝。

韦宝微微一笑：“我自然想当海防总督衙门的总督，不想才是虚伪。但是比起大明社稷，我个人的升迁不算什么，我即便现在称病回家，十年八年不出山，再过十年，我也不过只有二十五岁，不出问题，我仍然是侯爵，仍然是大明的正三品大员，三十岁之前，闭着眼睛也能入阁。”

丁绍轼点了点头，韦宝说的不错，“这么说，韦爵爷果然是无私，是为大明朝廷着想的，真是让人敬佩！那你为什么不具名？”

“我打算让首辅大人具名，以首辅大人的名义呈报给陛下。”韦宝笑道。

丁绍轼一怔，立马明白了韦宝的意图，也笑了，“你觉得首辅大人会做这种事吗？这是要担天下人的骂名的！哪家当官的家里没有许多田亩？只要开海，外面的粮食，金银进来，大明做买卖的人多了起来，就一定会对有田亩的人造成冲击。”

韦宝笑着点头，看样子，这帮饱学鸿儒并不是书呆子，他们也是什么都清楚的。

“若是首辅大人不肯帮忙，我就算了，不理这件事了，因为我人微言轻。”韦宝道：“我是听闻陛下为今年的巨额兵饷空缺烦恼，才想着帮朝廷献策。献策的目的已经达到，做的太多，反而容易引起猜忌。”

“这件事，一定会引起非议。若是我上呈陛下，有人会反对。若是那头的人上呈陛下，东林官员一定会群起反对，不要以为你控制了大理寺和都察院，控制了言官就能霸占视听。”丁绍轼道：“韦爵爷，我个人来说，是赞成你这么做的，觉得这是一个不错的法子，对大明利大于弊。”